Подозрение сразу падает на антивирус, который пытается проверять все сохраняемые файлы, хотя, тот-же антивирус с той-же семеркой, но в Windows XP никаких подтормаживаний не вызывал. Ставлю в исключения антивируса файлы 1С: *.md, *.dbf, *.cdx, – эфекта нет. Копнул глубже: при сохранении изменений в конфигурации 1С-ка создает копию md-файла во временной папке с именем вида ~md*.tmp, вот эту маску я и добавил к исключениям, результат – сохранение происходит почти мгновенно.

Думаю этот трюк пригодится всем, кто часто вносит изменения в конфигурацию, а кроме программистов это могут быть, например, пользователи распределенных баз.